Þar sem Suðurhlíðarskóli er sjálfstætt starfandi skóli nýtur hann ekki sömu styrkja og skólar sem reknir eru af sveitarfélögunum. Til að brúa bilið innheimtir skólinn skólagjöld.

Skólagjöld fyrir veturinn 2019-2020 eru sem hér segir:

Nemandi í 1.-5. bekk: Kr. 110.000 /árið
Nemandi í 6.-10. bekk: Kr.  253.000/árið