Þar sem Suðurhlíðarskóli er sjálfstætt starfandi skóli nýtur hann ekki sömu styrkja og skólar sem reknir eru af sveitarfélögunum. Til að brúa bilið innheimtir skólinn skólagjöld.

Skólagjöld fyrir veturinn 2020-2021 eru sem hér segir:

Nemandi í 1.-4. bekk: Kr. 110.000/árið
Nemandi í 5.-10. bekk: Kr.  235.000/árið